มัสยิดเต็มไปด้วยรายละเอียดที่มองเห็นได้เช่นเพดานที่ตกแต่งอย่างประณีตในทางเข้าหลัก การตกแต่งภายในของอาคารตามที่ปรากฏในปัจจุบันส่วนใหญ่มาจากราชวงศ์ Almoravid ซึ่งขยายมัสยิดและห้องละหมาดในช่วงศตวรรษที่ 12 การเปลี่ยนแปลงเพิ่มเติมยังคงเกิดขึ้นตลอดหลายศตวรรษต่อมา ราชวงศ์อัลโมฮัดซึ่งเข้าควบคุมพื้นที่ขนาดใหญ่ของโมร็อกโกและภาคใต้ของสเปน

หลังจากที่ราชวงศ์อัลโมราวิดขึ้นครองราชย์ในศตวรรษที่ 12 ได้เพิ่มลวดลายดอกไม้แบบมัวร์และอิทธิพลการออกแบบอันดาลูเซียของน้ำพุหินอ่อนตรงกลาง ศาลาน้ำพุสองแห่ง ซึ่งชวนให้นึกถึงศาลสิงโตของพระราชวังอาลัมบรา ในเมืองกรานาดาประเทศสเปน ถูกเพิ่มเข้ามาในช่วงต้นศตวรรษที่ 17 อัลคาราอูอีน เริ่มต้นจากการเป็นมัสยิดที่มีโรงเรียนโครานิค และห้องสมุดเล็กๆ ที่อยู่ติดกัน และได้เปลี่ยนแปลงในช่วงหลายปีที่ผ่านมาจนกลายเป็นสถาบันที่มีชื่อเสียงระดับโลกที่เปิดสอนหลักสูตรเต็มเวลาในหลากหลายสาขาวิชา โดยดึงดูดผู้คนจากทั่วทุกมุมโลกให้มาเรียนที่นั่น